www.archive-hr-2014.com » HR » I » IFS

Choose link from "Titles, links and description words view":

Or switch to "Titles and links view".

    Archived pages: 14 . Archive date: 2014-01.

  • Title: Antonio Šiber @ Institut za fiziku
    Descriptive info: .. Pet zadnjih objava (28.. kolovoza 2013.. godine).. Ioni konačne veličine u PB pristupu.. : Ponekad je jedina vrsta "ilustracije" koja članku treba matematika.. Mekani diskovi u kontaktu.. : Mnogi fizičari misle da je teorija elastičnosti zatvoreno područje, nešto što je odavno istraženo do svih mogućih detalja, nešto čime se zadnji put bavio Hertz.. To je, naravno, potpuno pogrešno.. Virusi: stvorenja niotkuda.. : Naslov predavanja sugerira nepoznato porijeklo virusa i tri različite teorije koje postavljaju viruse u "drvo života" na različita mjesta.. No, ovo.. "stvorenja niotkuda".. je naravno fraza posuđena  ...   "Virusi u očima fizičara".. , ali meni je to, znajući šta virusi mogu napraviti očima, bilo nekako strašno.. Zato sam ovaj post nazvao.. "Virusi i fizičari".. Neodgovorena velika pitanja.. : U srijedu, 6.. ožujka 2013.. godine održao sam na Institutu Jožef Stefan u Ljubljani predavanje.. "Nešto fizike virusa i velika, i dalje neodgovorena pitanja".. Na IJSu imaju prekrasnu dvoranu i vrlo dobru opremu za snimanje predavanja te snimatelja koji s vrha predavaonice prati predavača.. Tako je nastao i video.. Ioni konačne veličine u PB pristupu >>.. Zadnji put osvježeno 28.. godine..

    Original link path: /
    Open archive

  • Title: Ioni konačne veličine u PB pristupu
    Descriptive info: Ioni konačne veličine u PB pristupu (12.. Poisson-Boltzmannov (PB) pristup najjednostavniji je opis međudjelovanja naboja u otopinama (npr.. međudjelovanja nabijenih proteina u otopinama NaCl soli, koja disocira na Na.. +.. i Cl.. -.. ione).. On kombinira fizičarima dvije vrlo poznate jednadžbe: Poissonovu i Maxwell-Boltzmannovu.. Poissonova jednadžba je koncizna formulacija elektrostatike, a Maxwell-Boltzmannova jednadžba (odn.. distribucija) je temelj klasične statističke mehanike.. No, uobičajeni "sklop" ove dvije jednadžbe daje PB jednadžbu koja ima nedostatke s obzirom da u sebi ne uključuje konačne (i različite) veličine aniona i kationa (npr.. Na.. , ovisno o otopljenoj soli).. U.. >> članku koji ukratko predstavljam u ovom postu.. , Marko Popović i ja smo pokušali modificirati  ...   kolovoza u časopisu Physical Review E i možete ga.. >> downloadirati ovdje.. Za neke je radove ilustracija sekundarna.. Jedina "ilustracija" koju smo Marko i ja napravili za članak prikazana je na slici iznad, a članak je mogao proći i bez nje.. Ponekad je jedina vrsta "ilustracije" koja članku treba matematika.. Tako jednadžba (6) iz našeg članka glasi:.. Marko Popović idući mjesec odlazi na doktorski studij u Dresden.. Inače, ionima konačne veličine u PB pristupu bavio se i mag.. phys.. Ivor Krešić koji je kod mene diplomirao, a o tome sam.. >> već pisao.. Ivor je na svoj način razmatrao slučaj kad su veličine mobilnih iona iste.. Zadnji put osvježeno 12..

    Original link path: /ioni_konacne_velicine_u_PB_pristupu.html
    Open archive

  • Title: Mekani diskovi u kontaktu
    Descriptive info: Mekani diskovi u kontaktu (27.. svibnja 2013.. Upravo objavljeni članak.. >> Many-Body Contact Repulsion of Deformable Disks.. bavi se elastičnošću mekanih diskova u poligonalnim ograničenjima (slika iznad).. Članak je rezultat moje suradnje s.. >> Primožem Ziherlom.. , koja je započela još u prosincu 2010.. godine, na Christmas Biophysics Workshopu u Ptuju, kad smo Primož i ja prvi puta razgovarali o problemu.. Na kraju je to ispalo znatno drukčije nego što smo zamišljali na početku, ali tako to u researchu ide; istraživanje je kao bombonjera - nikad ne znaš šta ćeš dobiti.. Članak koji smo napisali prilično je općenit, moglo bi se čak reći i da se bavi teorijom elastičnosti.. Mnogi fizičari misle da je teorija elastičnosti zatvoreno područje, nešto što je odavno istraženo do svih mogućih detalja, nešto čime se zadnji put bavio Hertz.. U stvari, uobičajena teorija elastičnosti predstavlja vrlo nezadovoljavajuć opis deformacije materijala: ona vrijedi samo u granici linearnog odziva i za male pomake / deformacije.. Evo jednog šokantnog predviđanja uobičajene teorije elastičnosti:.. Potrebna je konačna energija da se tijelo komprimira u točku (!).. Eto.. Kladim se da mnogi  ...   konzistentno opisuje male i velike deformacije diskova, a ima prirodan limes za male deformacije u kojima vrijedi teorija linearnog odziva te se na nju svodi, odn.. predviđa Youngov modul i Poissonov omjer koji ovise o parametrima našeg "mikroskopskog" modela.. Naše istraživanje, između ostalog, pokazuje i da karakterizacija tijela "mekanim", u stvari ne znači mnogo.. Prema našim rezultatima, postoje dvije bitno različite "mekanosti" - ona kod koje se volumen tijela mijenja pri njegovoj deformaciji (slika iznad, gornji red; prikazana je deformacija diska kad ga se stišće u kvadrat) i ona kod koja se tijela deformiraju, ali uvijek tako da im je volumen očuvan (izohorna, nekompresibilna deformacija; slika iznad, donji red).. Za diskove u ovom drugom slučaju Primož je smislio i prijemčivo ime koje smo plasirali u članku:.. semi-hard.. (polutvrdo).. Zanimljivo je napomenuti da su diskovi načinjeni od oko 40000 verteksa (točaka), a da je elastična enerija oko svakog od verteksa vizualizirana s obojenim poligonom, kao što je prikazano na slici ispod (radi se o velikom povećanju dijela slike iznad).. Izgled poligona, naravno, ovisi o susjedima verteksa koji poligon predstavlja.. Zadnji put osvježeno 27..

    Original link path: /soft_disks_in_contact.html
    Open archive
  •  

  • Title: Virusi: stvorenja niotkuda
    Descriptive info: Virusi: stvorenja niotkuda (25.. travnja 2013.. U ponedjeljak, 22.. godine održao sam u Zajednici tehničke kulture u Puli predavanje.. "Virusi: stvorenja niotkuda".. Kliknite na strelicu u prozoru iznad da započnete streaming predavanja s Youtubea.. Naslov predavanja sugerira nepoznato porijeklo virusa i tri različite teorije koje postavljaju viruse u "drvo života" na  ...   osmijeha.. i nakanom tamnijom od noći.. o čemu razmišlja, dok zuri u tvoju ženu.. stvorenje niotkuda.. možda te provocira.. Da održim predavanje pozvao me je prof.. Mario Turić iz Pule kojeg poznajem još dok je radio u Pazinu.. O nastupu PROFESORA Šibera izvijestio je i.. "Glas Istre".. (ispod).. Zadnji put osvježeno 25..

    Original link path: /virusi_stvorenja_niotkuda.html
    Open archive

  • Title: Virusi i fizičari
    Descriptive info: Virusi i fizičari (22.. 21.. godine gostovao sam u emisiji.. "Iz svijeta znanosti".. Radija Sljeme.. Radi se o tjednoj emisiji koja donosi kratki pregled znanstvenih vijesti, a središnji joj je dio gostovanje znanstvenika.. Urednica emisije i novinarka koja je sa mnom razgovarala je Nikolina Kovačević.. Ja opet, a o čemu drugom nego o virusima.. Čini mi se da sam ovaj put uspio kvalitetno prenijeti neke informacije.. Nikolina je emisiju nazvala.. Kliknite na strelicu (play) u prozoru iznad da započnete streaming s YouTubea.. Zadnji put osvježeno: 22..

    Original link path: /virusi_i_fizicari.html
    Open archive

  • Title: Neodgovorena velika pitanja
    Descriptive info: Neodgovorena velika pitanja (14.. U srijedu, 6.. "Some physics of viruses and the grand questions still unanswered".. (.. ).. Tako je nastao i video u prozoru iznad koji možete pogledati klikom na strelicu.. Video zapis koji sam postavio na YouTube kreirao sam montiranjem snimljenog videa predavanja i svojih slajdova, no na portalu.. >> Videolectures.. net.. imaju napredniji način za simultani prikaz predavanja i slajdova.. >> Evo kako to izgleda na primjeru mog predavanja.. Na portalu.. možete naći i.. >> arhivu kolokvija na IJSu.. , ali i ogroman broj drugih predavanja.. Ispod donosim sažetak predavanja koji je bio otisnut i na plakatima koji su predavanje najavljivali:.. Seventy years after Schrodinger asked „What is life?“ we know that life is something related to information.. But how „non-living“ matter became imbued with information is even a toughest question than the one Schrodinger asked.. Most life is complicated, yet there are reasonably simple information-rich complexes that combine the two hallmark molecules of life i.. e.. DNA (or RNA) and protein – viruses.. Viruses have something to do with life, since they propagate, adapt and change (evolve) only in „living matter“, yet whether they  ...   typically ask, such as „What is it good for?“ or „How did it arise in the first place?“.. I will illustrate one possible path from the physical studies of virus structure and energetics to these, biologically relevant questions.. The particular path will be the one I walked through in my studies of viruses.. These include the studies of virus shapes and elasticity, the electrostatic interactions in viruses, and the influence of physical interactions in viruses on their (dis)assembly.. Što se tiče vizualnosti, mnogo toga je već prikazano na stranicama.. "Konstrukcije stvarnosti".. , a dijelu koji je novi planiram posvetiti poseban post, kad članak bude objavljen.. Od ostalih stvari, možda su zanimljive vizualizacije struktura od sp2 ugljika koje su paralelne strukturama virusnih kapsida i geodetskim kupolama - o tome sam davno napisao i jedan tekst koji.. >> možete downloadirati na ArXivu.. Ispod donosim slajd iz predavanja koji prikazuje gigantske ikozaedarske fulerene i Fullerovu geodetsku kupolu.. A ispod evo još jednog koji se tiče geometrije sp2 ugljika.. Te sam oblike razmatrao u svom radu.. >> Energies of sp.. 2.. carbon shapes with pentagonal disclinations and elasticity theory.. Zadnji put osvježeno 14..

    Original link path: /grand_questions_unanswered.html
    Open archive

  • Title: Arhiva svjetova
    Descriptive info: Arhiva.. Ioni konačne veličine u PB pristupu (8/13).. Mekani diskovi u kontaktu (5/13).. Virusi: stvorenja niotkuda (4/13).. Virusi i fizičari (3/13).. Neodgovorena velika pitanja (3/13).. MPB Ivora Krešića (3/13).. Anamorfoza Marka Marelje (12/12).. Molekularna biofizika (2/12).. PCCP naslovnica (2/12).. Kaustika Brune Pauna (9/11).. Biofizika i ekonofizika (9/11).. Diplomski rad Kristijana Kunšteka (7/10)..

    Original link path: /archive.html
    Open archive

  • Title: MPB Ivora Krešića
    Descriptive info: MPB Ivora Krešića (11.. Danas je mag fizike (mag.. phy.. ) Ivor Krešić obranio svoj diplomski rad naziva.. "Sterički modificirana Poisson-Boltzmannova jednadžba".. Za njega je dobio najveće moguće ocjene od povjerenstva pred kojim ga je branio.. Ivoru sam mentor diplomskog rada bio ja pa uz njegovu suglasnost,.. >> OVDJE donosim PDF zapis njegovog diplomskog rada (1.. 8 MB).. Poisson-Boltzmannov pristup je inače vrlo uobičajen u razmatranju ionskih otopina te zasjenjenju elektrostatskih međudjelovanja u biološkim i mekim sustavima.. Premda ima svoja značajna ograničenja, u primjenama na konkretne sustave daje razumne rezultate.. Ja sam ga koristio u svom znanstvenom radu mnogo puta dosad..  ...   određena gustim pakiranjem ionskih "kuglica".. Taj se efekt vidi na slici ispod koja prikazuje distribuciju protuiona (iona u otopini koji su mobilni i zasjenjuju "fiksni" naboj) u prostoru između dvije jednako nabijene ravnine (odn.. poluprostora).. Dok Poisson-Boltzmannov pristup (puna linija) predvidja znatni porast koncentracije (.. c.. ) zasjenjujućih iona blizu ploča, modificirani Poisson-Boltzmann (crtkana linija) predviđa praktički konstantni profil gustoće zasjenjujućih protuiona.. Ovo je posljedica steričkog "odbijanja".. Pa eto, stvar jest prilično kruta i profesionalno nabrijana, ali nadam se da tamo vani ima nekoga koga bi mogao zanimati.. >> diplomski rad Ivora Krešića u PDF zapisu (1.. Zadnji put osvježeno 11..

    Original link path: /mpb_ivora_kresica.html
    Open archive

  • Title: Anamorfoza Marka Marelje
    Descriptive info: Anamorfoza Marka Marelje, 14.. prosinca 2012.. Prema.. >> Wikipediji, anamorfoza.. je iskrivljena projekcija ili perspektiva koja of promatrača zahtijeva korištenje posebnih naprava ili zauzimanje posebnog gledišta da bi rekonstituirao sliku.. U povijesti (umjetnosti) su posebno bile poznate anamorfne slike za čije je promatranje bilo nužno cilindrično zrcalo.. Tek kad bi se takvi crteži pogledali u odrazu postali bi prepoznatljivi.. Fotografija iznad prikazuje jedan takav rad modernog umjetnika.. >> Istvana Orosza.. S fizikalnog stajališta zanimljivo je što su za takve potrebe najčešće bila korištena.. ne-sferna.. zrcala, uglavnom cilindrična, ali i stožasta.. Diplomski rad Marka Marelje, obranjen jučer na zagrebačkom Fakultetu za fiziku, bavio se najviše zrcaljenjem u cilindričnim i stožastim zrcalima, ali i perspektivnom anamorfozom, za čije "raspetljavanje" zrcala nisu potrebna, nego samo posebno gledište.. Ja sam bio mentor tog diplomskog rada i s radošću ovdje donosim njegov.. >> elektronički zapis (PDF).. , s dopuštenjem autora.. Slike ispod probrane su iz.. >> Mareljinog diplomskog rada,.. Simulacija ne-sfernih zrcala i anamorfnih slika metodom praćenja svjetlosnih zraka.. Slika iznad prikazuje PovRay simulaciju zrcaljenja na konkavnoj strani cilindričnog zrcala postavljenog na podlogu prekrivenu nekom vrstom koordinatne mreže, sustava.. Vidi se kako  ...   cilindričnom zrcalu.. Vidljivo je da ovo zrcalo smanjuje omjer širine i visine objekta, tako da, za razliku od konkavnog zrcala, pomaže u slučaju nepovoljne širine trbuha.. Lijeva strana slike je fotografija stvarnog postava, a desna je PovRay simulacija.. Zanimljiv, i analitički težak problem je zrcaljenje u nagnutom cilindričnom zrcalu.. Slika iznad prikazuje fotografiju zrcaljenja u takvom zrcalu (lijevo) i PovRay simulaciju takvog optičkog sustava (desno).. Na fotografiji se vidi "eksperimentator" odn.. fotograf.. Slika iznad prikazuje cilindrični prsten, u stvari dio kuhinjskog pribora koji se koristi za kuhanje u pećnici (npr.. gratiniranje i slično).. To je "eksperimentalni sustav" koji istodobno prikazuje zrcaljenje na.. konveksnoj.. (vanjskoj) i.. konkavnoj.. (unutarnjoj) strani cilindričnog zrcala.. Lijevi dio slike je eksperiment, a desni PovRay simulacija.. Slaganje je odlično i PovRay se ovdje još jednom dokazuje kao moćan alat za simulaciju klasičnih optičkih sustava.. Za kraj, slika iznad prikazuje refleksiju u polegnutom cilindričnom zrcalu (tako da mu je os paralelna s horizontalnom podlogom).. Gornji dio slike prikazuje fotografiju eksperimentalnog postava, a donji je PovRay simulacija.. Više informacija, uključujući i primjere anamorfnih slika, možete naći u.. >> diplomskom radu Marka Marelje (PDF).. Zadnji put osvježeno: 14..

    Original link path: /marko_mareljas_anamorphosis.html
    Open archive

  • Title: Molekularna biofizika
    Descriptive info: Molekularna biofizika (26.. /27.. srpnja 2012.. Upravo sjedim ispod projekcijskog platna u predavaonici I Instituta za fiziku.. Ispred mene je troje studenata koji rješavaju tri zadatka koja sam prije nekoliko dana pripremio za pismeni ispit.. Mislim da zadaci nisu teški i da bi ih svatko tko je barem preletio kroz predavanja morao riješiti.. Finale je to moje prve godine vođenja kolegija.. "Molekularna biofizika".. na poslijediplomskom studiju biofizike na Fakultetu za fiziku Sveučilišta u Zagrebu.. Sutra još samo usmeni dio ispita, a onda odmor.. Kolegij mi je oduzeo više vremena nego što sam planirao, ali nije mi žao.. Imam dojam da je bilo neke koristi od svega toga.. Kad sam se ja počinjao interesirati za biološke probleme prije 7-8 godina shvatio sam da.. (i).. ne znam ni približno dovoljno biologije te.. (ii).. da moram unaprijediti znanje statističke fizike i termodinamike.. Proveo  ...   helija, ksenona i željeza prebaci na proteine i DNA.. Na našem se studiju fizike daje značajan naglasak na fiziku čvrstog stanja pa sam to iskoristio kao polazište za obrazovanje naših studenata u biofizičkom usmjerenju.. Koliko mi je to uspjelo, procijenite sami i.. >> downloadirajte prvu verziju skripte "Molekularna biofizika".. koja je nastala nakon ovogodišnje serije predavanja.. U skriptu nisam stigao ukjučiti sve što sam htio pa će to ostati kao zadatak za iduće godine predavanja, ako ih bude.. Skripta je vjerojatno puna grešaka, a pogotovo tipfelera pa uzmite i to u obzir dok je čitate.. U vremenu koje dolazi namjeravam je stalno dotjerivati pa će se bolje verzije moći downloadirati kasnije.. Zahvaljujem dipl.. ing.. Idi Delač Marion i dipl.. Danijelu Grgičinu za sve propuste i nedostatke na koje su me upozorili.. Downloadirajte trenutnu verziju skripte.. >> OVDJE.. Zadnji put osvježeno: 27..

    Original link path: /molekularna_biofizika.html
    Open archive

  • Title: PCCP naslovnica
    Descriptive info: PCCP naslovnica (26.. veljače 2012.. Prošle sam godine proveo tri mjeseca u Ljubljani, na Fakultetu za matematiku i fiziku, surađujući s Rudijem Podgornikom i Anžeom Lošdorferom Božičem na nekoliko projekata, od kojih je jedan upravo ugledao svjetlo dana.. Radi se u polu-revijalnom radu.. >>.. "Energies and pressures in viruses: contribution of nonspecific electrostatic interactions".. koji je objavljen u časopisu Physical Chemistry Chemical Physics (PCCP).. Taj rad sumira moje, Anžeove i Rudijeve doprinose na području elektrostatike virusa i donosi analitičke procjene elektrostatskih energija i tlakova u virusima izvedene iz pojednostavljenih modela elektrostatskih međudjelovanja u teoriji srednjeg polja (Poisson-Boltzmann).. Anže je donio u rad i neke nove i neobjavljene rezultate koji daju približnu procjenu važnosti viševalentnih iona u okviru pristupa koji napušta aproksimaciju srednjeg polja (tzv.. strong coupling, dressed counterions pristup).. Rad je izabran za prikaz na naslovnici broja 14(11), a ja sam za tu priliku načinio posebnu ilustraciju koja nije dio samog rada (slika iznad).. Bio je to zanimljiv ilustracijski posao jer je virus (virus mozaične bolesti krastavca,.. >> cucumber mosaic virus.. ) izrađen kao vrsta izo-plohe temeljene na koordinatama atoma odn.. amino-kiselina.. Otuda potječe "glatkoća" koja se vidi na ilustraciji.. Takvu vrstu vizualizacije izabrao sam jer je Anže računao koordinate svih naboja na virusu.. Ako to shvatimo kao niz točaka u trodimenzionalnom prostoru, jasno je da je vizualizacija takvog objekta problematična, pogotovo zato što je skup točaka relativno "rijedak" (radi se samo o aminokiselinama koje su u otopini neutralog pH faktora nabijene).. Trebalo je stoga naći način da se  ...   se svi elementi osvjetljenja moraju izračunati odjednom u samom PovRayu, u krivu.. Naravno da su u krivu, kao što su u krivu i svi fanatici koji ne mogu vidjeti dobre aspekte drugih svjetonazora i načina.. Proračun je relativno dugo trajao, između ostalog i jer je ilustraciju trebalo izraditi u visokoj rezoluciji.. Detalj te ilustracije u pravoj veličini prikazan je na slici iznad - uočite izrazito "smekšane" prijelaze između svjetla i sjene.. Uočite također i da slika sadrži.. >> geodetsku kupolu.. iste simetrije kao i virus - ovo čini mi se jasnije ukazuje na matematiziranost i pravilnost virusne strukture.. Još jedna je geodetska kupola, ogromnog T-broja prikazana kao suptilni element pozadine slike.. Blob metoda može se primijeniti na bilo koji skup točaka.. Tako sam je ja primijenio na skup svih aminokiselina kad sam stvarao prikaz.. cijelog.. virusa, a kad sam stvarao prikaz distribucije naboja primijenio sam je posebno na negativno, a posebno na pozitivno nabijene aminokiseline.. Rezultat takve procedure prikazan je na slici iznad, ponovo za CMV virus, gdje crveni i plavi objekti prikazuju izo-plohe pozitivnog i negativnog naboja (vidi.. >> članak.. za detalje).. Slika iznad prikazuje distribuciju pozitivnog naboja na.. >> cowpea chlorotic mottle virusu.. To je virus koji prilično specifično parazitira na vrsti graha,.. >> black-eye pea.. Ovaj put virus nije prikazan u presjeku pa se jasno vidi izgled distribucije naboja na virusnoj vanjštini.. Ovdje sam također postavio osvjetljenje tako da su sjene jasno vidljive.. Čini mi se da u ovom prikazu to ne smeta.. Zadnji put osvježeno 26..

    Original link path: /PCCP_cover.html
    Open archive



  •  


    Archived pages: 14